В понижениях с избыточным увлажнением у сеянцев ранней весной наблюдается пожелтение и засыхание хвои, вызываемое сумчатым грибом Herpotrichia nigra Hart. У сеянцев и подроста кедра иногда наблюдаются вздутия на стволиках, вызываемые ржавчинным грибом Cronartium ribicola Dietz., больные растения необходимо удалять и сжигать. Значительные повреждения подросту кедра, особенно на вырубках, наносит северная пищуха. В отдельные годы пищуха причиняет большой вред и прививкам кедра. В связи с тем, что пищуха является кормом для соболя и борьба с ней поэтому нецелесообразна, необходим поиск отпугивающих средств для охраны прививок. У прививок часто наблюдаются деформация стволиков и ослабление роста при заселении их верхушечных побегов насекомыми. Создание оптимальных условий для роста прививок повышает их устойчивость.
Значительный вред насаждениям кедра приносят хвоегрызущие насекомые-сибирский шелкопряд, шелкопряд-монашенка, непарный шелкопряд, сосновая пяденица, хвойная волнянка, хвойная пяденица, кедровая листовертка, рыжий сосновый и черно-желтый пилильщики. Заболевание хвои у подроста кедра вызывает Lophodermium pinastri Chev. Пораженные этим грибом растения ослабляют свой рост. Значительный вред старым деревьям наносят пестро-красная гниль стволов, вызываемая сосновой губкой (Phellinus pini (Thore exFr.) Pil.), бурая центральная гниль (Fomitopsis officinalis (Wild.) Bond. et Sing), бурая призматическая гниль (Chactoporellus) и трутовик Швейнитца (Phaeolus Schweinitzii (Fr.) Pat.).
Корневая губка и трутовик Швейнитца поражают также корни кедра, способствуя ветровалу деревьев. Деревья с пораженными стволами необходимо удалять при санитарных рубках.
Ослабленные деревья кедра заселяются шестизубым короедом, большим черным еловым усачом, сибирским гравером, сибирским еловым дровосеком, кедровым лубоедом и др., особенно в годы засушливые или очень влажные. Вопросы защиты орехоплодных кедровых садов и плантаций от вредителей и болезней должны решаться комплексно: созданием оптимальных условий роста растений, отбором высокоиммунных форм и использованием химических и биологических методов борьбы. (Ф.Л.Щепотьев, А.А. Рихтер, Ф.А. Павленко, П.И. Молотков, В.И. Кравченко, А.И. Ирошников. Орехоплодовые лесные культуры. -М.: Лесная промышленность, 1978)